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生物Python工具包

由 bosborne ST3

Sublime Text 3的生物Python工具包

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  • 2017.12.18.15.00.45
  • github.com
  • github.com
  • 7年前
  • 51分钟前
  • 10年前

安装次数

  • 总数 2K
  • Win 1K
  • Mac 454
  • Linux 493
8月6日 8月5日 8月4日 8月3日 8月2日 8月1日 7月31日 7月30日 7月29日 7月28日 7月27日 7月26日 7月25日 7月24日 7月23日 7月22日 7月21日 7月20日 7月19日 7月18日 7月17日 7月16日 7月15日 7月14日 7月13日 7月12日 7月11日 7月10日 7月9日 7月8日 7月7日 7月6日 7月5日 7月4日 7月3日 7月2日 7月1日 6月30日 6月29日 6月28日 6月27日 6月26日 6月25日 6月24日 6月23日
Windows 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0
Mac 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Linux 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

README

源码
raw.githubusercontent.com

BioPythonUtils

BioPython的Sublime Text 3工具包。

安装

使用包管理器安装BioPythonUtils。如果您没有包管理器，请访问https://sublime.wbond.net。

此包已包含BioPython 1.68代码，您无需单独安装。

配置

在设置文件中添加您的电子邮件地址和默认的BLAST。

{
    "email_for_eutils": "[email protected]",
    "entrez_retmax": 1000,
    "remote_blast_app": "blastp",
    "remote_blast_db": "nr",
    "remote_blast_format": "Text"
}

如果您想使用NCBI的EUtils下载数据，则必须提供电子邮件地址。

命令

首先选择相关文本，然后在工具 -> 生物Python工具包菜单中运行命令。

  • “翻译”
  • “通过搜索获取序列”
  • “通过ID获取序列”
  • “通过物种获取序列”
  • “远程BLAST”
  • “Genbank转Fasta”

“翻译”

将选定的文本翻译为Fasta格式的1个或多个条目或1个或多个纯文本条目。例如：

2 atgctatcaatcgcgattctgcttctgctaatagcagagggctcctctcaaaattacaca ggaaatcctgtgatatgcctggggcaccatgctgtgtccaatgggacaatggtgaaaacc

or:

atgctatcaatcacgattctgttcctgctcatagcagagggctcctctcagaattacaca gggaatcctgtgatatgcctgggacatcatgctgtatccaatgggacaatggtgaaaacc

atgctgtcaatcacgattctgttggtgctcatagcagagggctcctctcagaattacacg gggagtcctgtgatatgcctgggacatcatgctgtatccaatgggacaatggtgaaaacg

Translation starts at the first codon and continues to the last, regardless of stop codons.

#### "Get Sequences by Search"

Queries [NCBI Nucleotide](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/) using [Entrez](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK184582/)
search service and the selected text and downloads the sequence results in GenBank format.
For example:

人类[ORGN] AND AKT1[GENE]

The default maximum number of records downloaded is 20, if you want more than 20 set
the value in your "Settings - User" file ("entrez_retmax").

#### "Get Sequences by Id"

Downloads sequence from [NCBI](http://www.ncbi.nlm.nih.gov) using the selected ids. Ids can be delimited by commas,
returns, or space. For example:

KC781785 2

or:

2 KC781786

or:

284218, 203807

#### "Get Sequences by Taxon"

Downloads a taxon as GenBank format entries from [NCBI](http://www.ncbi.nlm.nih.gov) using the selected
[NCBI Taxonomy](http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy) ids. Ids can be delimited by commas, returns, or space.

#### "Remote BLAST"

Sends the selected Fasta format or "plain" sequence(s) to the [BLAST server at NCBI](http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) and retrieves the results. You can set the application, database, and result format using the Command Palette. You can also set some default values in your "Settings - User" file ("remote_blast_app", "remote_blast_format"). Note that the available databases change depending on the BLAST application.

#### "Genbank To Fasta"

Creates Fasta format records from the selection, 1 or more GenBank format records.

### Issues

The interaction between the plugin and various services at NCBI are synchronized, so Sublime Text is
unusable while the queries ("Get Sequences*", "Remote BLAST") are running.